Nel periodo caratterizzato dalla signoria degli Sforza un provvedimento interessò il Comune di Giussano che nel 1478 venne incluso nel feudo di Alliate citra Lambrum (Agliate al di qua del Lambro) di proprietà dei Balbiani. La signoria degli Sforza si concluse nel 1535. Ebbe così inizio, con Carlo V, il periodo della dominazione spagnola caratterizzata da gravi calamità che colpirono anche il territorio di Giussano: la perdita di vite umane dovuta alla peste, le calamità naturali, le carestie ed i saccheggi ad opera di truppe di passaggio, furono causa di gravi problemi finanziari risoltisi solo a seguito della "pace dei Pirenei" tra Francia e Spagna (1659), pace che favorì una ripresa economica durata 40 anni.

Nel 1688 il territorio di Giussano venne acquistato in feudo dalla famiglia Crivelli, già detentrice dal 1647 e dal 1683 rispettivamente dei feudi di Robbiano (che allora contava 249 abitanti) e di Paina, Brugazzo e Birone. E' a questo periodo che risale sia la costruzione ad opera di Giovanni Battista Giussani della cosiddetta Villa Mazenta (edificio ora completamente restaurato) che l'instaurarsi di un legame di parentela tra la famiglia Giussani (estintasi nel 1741) e la Mazenta.

Con la caduta del dominio spagnolo in Italia (1713) la Lombardia passò all'Austria e dopo il 1748 (pace di Aquisgrana) trascorse un lungo periodo di pace. Nel 1760, a seguito della morte dell'ultimo dei Balbiani, la Regia Camera, in mancanza del preventivo assenso reale, non riconobbe la vendita del feudo di Giussano ai Crivelli ed avocò a sé lo stesso. Posto in vendita dieci anni dopo ed acquistato dal marchese Guido Mazenta contava circa 1000 abitanti dei quali 339 di età superiore ai quattordici anni.

Il periodo della Repubblica Cisalpina, caratterizzato da imposizioni fiscali, requisizioni e saccheggi, condusse nel 1802 alla nascita della Repubblica Italiana e nel 1805 a quella del Regno d'Italia. A capo dei Comuni venne posto un sindaco o podestà nominato direttamente dal governo; nei comuni di terza classe (con popolazione inferiore ai 3000 abitanti) c'erano due anziani ed un consiglio composto di 15 membri oltre ai due revisori dei conti.

In conseguenza della caduta di Napoleone anche il Regno d'Italia fu coinvolto nel crollo della potenza francese: nel 1814 la Lombardia tornò sotto la dominazione austriaca e nel 1815, unita al Veneto, costituì il regno Lombardo-Veneto. In questo periodo si verificarono ripetute crisi agricole, tra l'altro causate da un'epidemia di colera che provocò a Giussano 14 morti su 1868 abitanti ed a Paina 18 morti su 905 abitanti. All'interno della comunità di Giussano il ceto dominante era rappresentato dall'aristocrazia fondiaria che si dedicò anche all'industria, al commercio ed all'allevamento dei bachi da seta. La terra di Giussano, inclusa tra quelle chiamate "figuline", si rivelò anche adatta alla produzione di vasi, ceramiche e stoviglie.

Nel 1859 durante la guerra tra Austria e Piemonte la sconfitta degli Austriaci determinò l'annessione della Lombardia al Regno d'Italia. I risultati del censimento del 1861 evidenziarono che il territorio dell'attuale comune di Giussano, allora diviso in tre comuni, aveva una popolazione complessiva pari a 4152 abitanti. Nel 1870 al comune di Giussano furono aggregati i comuni di Robbiano e Paina (che comprendeva anche Birone).

Nel 1875 fu eretto il municipio, edificio che ospitava anche le scuole e presso il quale hanno avuto sede per un secolo gli uffici comunali. Nel 1890 fu inaugurato l'Ospedale Borella al quale nel 1960 venne affiancato un nuovo edificio. La vecchia chiesa parrocchiale di Giussano che sorgeva in Piazza San Giacomo fu sostituita nel 1932 dall'attuale Basilica dedicata ai SS. Filippo e Giacomo.

La storia di Giussano prosegue nei primi decenni del 1900 illuminata dalla figura di Don Rinaldo Beretta, coadiutore che operò in Robbiano a far tempo dal 1898. Il sacerdote, condividendo lo spirito dell'associazionismo che caratterizzò quel periodo storico, intraprese numerose iniziative in favore della collettività. Di particolare rilievo fu l'istituzione di una scuola serale finalizzata all'alfabetizzazione della "sua gente" dal momento che saper leggere e scrivere era elemento indispensabile per acquisire il diritto di voto.

Il 2 Giugno 1946, in occasione delle votazioni per il referendum, Giussano si espresse a favore della repubblica.

Giussano è ora una città in grado di offrire alla cittadinanza risposte adeguate alle diverse esigenze.
Lo sforzo compiuto dalle varie Amministrazioni comunali nel campo dell'edilizia scolastica è testimoniato dalla presenza sul territorio dei vari edifici scolastici: la Scuola Materna Statale di Giussano, le Scuole Elementari di Giussano capoluogo e di ciascuna delle frazioni, le Scuole Medie di Giussano e Paina, l'Istituto Statale d'Arte.
Non mancano inoltre strutture sportive e ricreative, quali il campo sportivo, la pista di atletica e la biblioteca civica.
Nell'ottica di affrontare le varie problematiche di carattere sociale sono state realizzate strutture di accoglienza per minori ed anziani, quali l'Asilo Nido comunale e la Casa di Riposo per Anziani "Residenza Amica".
Presso il nuovo Palazzo Municipale, recentemente ampliato, hanno sede tutti gli Uffici comunali. Di particolare pregio sono le quattro vetrate opera del Maestro Aligi Sassu che abbelliscono la sala consiliare. Tre vetrate sono dedicate ad altrettanti personaggi illustri giussanesi (il matematico e fisico Gabrio Piola, il leggendario Alberto da Giussano e fra Giovanni da Giussano, uno degli architetti e progettisti del Duomo di Milano). La quarta vetrata è dedicata al progresso ed alla storia dell'uomo dai primordi dell'umanità sino alla conquista dello spazio.

Il centro civico, a testimonianza del sacrificio offerto dai tanti concittadini che durante i due conflitti mondiali hanno perso la vita per la Patria, ospita inoltre due monumenti appositamente realizzati dallo scultore Alfredo Sassi.

Le emozioni e le sensazioni che il tema "libertà" suscita nell'uomo sono infine rappresentate nel monumento creato dall'artista Harry Rosenthal per il giardino pubblico di Giussano, monumento intitolato "Alla libertà". L'opera, concepita in ricordo della Resistenza in Italia, è diventata un monumento alla resistenza mondiale a tutte le oppressioni.