Conosciuta ad ammirata per la ricchezza dei suoi beni artistici e per lo stupore suscitato dai suoi giochi d’acqua nel periodo che corre tra la seconda metà del 1500 e la seconda metà del 1800, sulla Villa, con l’abbandono della proprietà da parte della famiglia Litta nel 1870, comincia il degrado ed inizia un progressivo silenzio.

Ideatore dell’intero complesso fu Pirro I Visconti Borromeo, colui che ispirandosi alle ville della Toscana medicea, verso il 1585 diede una funzione prevalentemente ludica al suo possedimento lainatese sino ad allora destinato all’agricoltura.

Si avvalse della collaborazione dell’architetto Martino Bassi, degli scultori Francesco Brambilla il giovane e Marco Antonio Prestinari, dei pittori Camillo Procaccini, Pier Francesco Mazzucchelli detto il Morazzone, Giovanni Battista Volpino e Agostino Lodola per trasformare la proprietà di Lainate in un luogo di delizie.

Oltre ai lavori di sistemazione architettonica del palazzo, Pirro I impostò il giardino e fece costruire il Ninfeo. Questo edificio di frescura, meglio descritto successivamente, può essere, a ragione, considerato uno degli esempi più importanti dell’Italia settentrionale per la ricchezza delle decorazioni e la varietà dei giochi d’acqua.

Il Catasto Teresiano, redatto nel 1721, mostra come l’impianto del complesso rimase sostanzialmente invariato fino a quella data. Negli anni immediatamente successivi alla stesura della mappa, Giulio Visconti Borromeo Arese, ultimo erede della famiglia, costruì il palazzo occidentale o "Quarto Nuovo".

Il marchese Pompeo Litta, nipote di Giulio Visconti Borromeo, dal quale ereditò la Villa nel 1750, attuò grandi lavori di sistemazione scenografica, moltiplicando gli effetti prospettici, creando quinte e fondali, costruendo ex novo la facciata del Ninfeo e avvalendosi dell’opera di scultori quali Donato Carabelli, Pietro Santostefano e dell’architetto e pittore Francesco Levati.

Ebbe allora inizio il periodo di massimo splendore della villa Agli inizi del XIX secolo, trasformata la parte nord/ovest in giardino paesaggistico o all’inglese, ebbero grande sviluppo le sperimentazioni botaniche in serra, fino a quando il declino della famiglia Litta, parte attiva nei moti per l’Unità d’Italia, condusse, nel 1870, alla acquisizione della Villa al demanio statale.

Il complesso monumentale, dopo successivi passaggi di proprietà, viene acquistato da Alberto Toselli che compie alcuni restauri e riattiva i giochi d'acqua.

La seconda guerra mondiale segnò il decadimento totale della Villa che si protrasse sino al 1970 quando venne acquistata dall’Amministrazione Comunale di Lainate. Nel 1980 ebbero inizio i primi interventi razionali, pubblici e privati, di recupero per giungere con il 1993 alla realizzazione di un progetto di restauro di grande respiro parzialmente finanziato dalla Regione Lombardia.